Si chiama SPR-based Tree Assessment, o SPRTA, e’ uno strumento innovativo che permette di capire la discendenza di un determinato ceppo virale e stabilire percorsi evolutivi alternativi. A presentarlo sulla rivista Nature, gli scienziati dell’Istituto Europeo di Bioinformatica (EMBL-EBI) e dell’Australian National University. Il team, guidato da Nick Goldman e Nicola De Maio, ha sviluppato uno strumento in grado di testare diversi scenari contemporaneamente, valutare le probabilità che un ceppo virale discenda da un particolare antenato e dedurre percorsi evolutivi alternativi. Dopo l’avvento del Covid-19, i ricercatori hanno cercato di costruire gli alberi filogenetici dei virus, che permettono di capire quando compaiono nuovi ceppi virali e come essi siano collegati tra loro. Ma con milioni di genomi da analizzare, verificare l’affidabilità di questi alberi si e’ rivelato estremamente arduo.
SPRTA nasce per colmare questa lacuna, perche’ permette di valutare i nuovi ceppi virali e la loro correlazione. Questo strumento, riportano gli studiosi, permette di monitorare in modo rapido e affidabile la diffusione e l’evoluzione dei patogeni. Tali informazioni consentono decisioni piu’ informate durante le emergenze sanitarie, le epidemie e le pandemie. “SPRTA – afferma Goldman – ci offre un modo rapido e affidabile per capire di quali parti di questi enormi alberi possiamo fidarci e per trovare le alternative piu’ plausibili nelle regioni con bassa affidabilita’. Questa risorsa e’ fondamentale per rispondere in modo rapido e intelligente alle prossime pandemie”. “Con SPRTA – aggiunge De Maio – rendiamo la costruzione di alberi filogenetici piu’ veloce e piu’ intelligente, perche’ ci permette di capire quali relazioni filogenetiche siano solide e dove concentrarsi per analizzare l’evoluzione di un patogeno, anche lavorando con milioni di genomi”. Lo strumento e’ stato progettato attraverso piu’ di due milioni di genomi di Sars-CoV-2. I risultati evidenziano che il modello e’ in grado di evidenziare quali parti di un albero filogenetico sono altamente affidabili e di segnalare posizionamenti incerti del campione. SPRTA e’ integrato in MAPLE, uno strumento per la costruzione efficiente di alberi filogenetici di grandi dimensioni, ed e’ disponibile in IQ-TREE, uno dei pacchetti software filogenetici piu’ utilizzati. Questa commistione, concludono gli autori, rende SPRTA uno strumento aperte, accessibile e pronto per i ricercatori di tutto il mondo che si impegnano nel monitoraggio delle epidemie, nella sorveglianza genomica e negli studi evolutivi.
